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Au coeur de la vallée, plusieurs habitats sont recensés :
- Habitats de la Directive Habitats-Faune Flore :
- Autres habitats :
- Fruticées calciclines ;
- Prairies mésophiles ;
- Boisements ;
- Cultures.
En Haute Vallée de la Touques et ses affluents, les habitats d'intérêt communautaire s'étendent sur environ 500 ha, soit plus de 35 % de la surface totale du site.
Parmi ces habitats, 80 % correspondent à des habitats forestiers, 15 % à l’habitat de pelouses sèches, et 5 % à des habitats ouverts des milieux humides (mégaphorbiaies et tourbières).