Les scientifiques experts ont recensé les sites français susceptibles d’être intégrés au réseau Natura 2000 sur la base de critères scientifiques spécifiques donnés par les directives "Habitats-Faune-Flore" et "Oiseaux".
Ces critères sont donc communs à tous les états membres : qualité écologique des habitats, taille ou densité de l'effectif....
Au titre de la directive "Oiseaux", les sites ont commencé à être recensés dès 1979 (inventaire "ZICO"). La plupart ont été désignés en ZPS en 2005 et 2006. Au titre de la directive "Habitats", la procédure d’inventaire et de classement a été plus complexe, plus longue, mais aussi plus cohérente :
- le travail d’inventaire (1990 à 2006 environ) des Sites Potentiels d’Intérêt Communautaire a été conduit à l’échelle régionale par les ex-DIREN (Directions Régionales de l’Environnement) sous l’égide des Préfets de région et validés par les CSRPN (Conseils Scientifiques Régionaux du Patrimoine Naturel). Ces travaux ont été coordonnés et évalués au plan national par le MNHN (Muséum National d’Histoire Naturelle).
- La liste de ces sites potentiels a été transmise à la commission européenne. Celle-ci a mis en commun toutes les propositions de sites de tous les états membres, et analysé la cohérence du réseau : les habitats et espèces visés sont-ils suffisamment, insuffisamment ou trop représentés au sein du réseau ? Cette analyse a été conduite par région biogéographique (atlantique, méditérranéenne, continentale...).
- Au terme de cette analyse, la commission a informé chaque Etat membre des sites qu’elle retenait parmi ceux qui lui avaient été proposés. Elle a parfois demandé des compléments.
- A partir de ce moment-là, les Etats membres, dont la France, ont pu commencer à désigner les sites retenus en droit français par arrêté ministériel. Ils deviennent alors officiellement «Site Natura 2000».
- La France a ensuite choisi de consulter les collectivités locales concernées par les périmètres Natura 2000 afin de connaître leur position quant à la préservation d'une partie de leur territoire.